La trama de la serie sigue una línea de historia en marco en la que el gobierno de los EE. UU. aprueba una Ley de registro de superhéroes, aparentemente diseñada para que los individuos superpoderosos actúen bajo la regulación oficial, algo similar a la aplicación de la ley. Sin embargo, los superhéroes que se oponen al acto, liderados por el Capitán América, se encuentran en conflicto con aquellos que apoyan el acto, liderados por Iron Man, con Spider-Man atrapado en el medio; Los X-Men toman una postura neutral.

Tomo 1: https://exe.io/fNOHmc 

En Civil War II el tema del conflicto era uno solo: Ulises es un inhumano que puede ver el futuro, por ello Captain Marvel (Carol Danvers) decide que pueden usarlo para prevenir crímenes y grandes catástrofes. Pero Iron Man (Tony Stark) piensa que el castigo no puede venir antes del crimen.

Tomo 2: https://exe.io/ejhZSW